3DSのニンテンドー3Dサウンドに音楽を入れる方法をわかりやすく説明してください。...

３DSで再生できる音楽ファイルはAACかMP3の形式だけです。

まずは音楽ファイルをどちらかの形式に変換する必要があります。

MP3ならWindows標準の「Windows Media Player」で音楽CDを「取り込む」でMP3を指定すれば変換してくれます。
AACには変換できないので「Real Player」を使いましょう。
http://jp.real.com/realplayer/how_to_install.html

「Real Player」ならAAC・MP3のどちらの形式でも取り込めますし、MP3をAACに変換することもできます。

３DSから取り出したSDカードをパソコンのSDカードドライブに差し込んで、変換した音楽ファイルをコピーします。
フォルダは特に関係ありませんが、「Music」などのフォルダを作っておき、ここへコピーしたほうが判りやすいですね。

SDカードを３DSへ戻せば準備完了です。